核酸分子泳动率的因素有什么

核酸分子泳动率的因素有什么

1、样品的物理性状

       即分子的大小、电荷数、颗粒形状和空间构型。一般而言，电荷密度愈大，泳动率越大。但是不同核酸分子的电荷密度大致相同，所以对泳动率的影响不明显。 对线形分子来说，分子量的常用对数与泳动率成反比，用此标准样品电泳并测定其泳动率， 然后进行 DNA 分子长度（bp）的负对数——泳动距离作标准曲线图，可以用于测定未知 分子的长度大小。

       DNA 分子的空间构型对泳动率的影响很大，比如质粒分子，泳动率的大小顺序为：cDNA＞IDNA＞ocDNA。但是由于琼脂糖浓度、电场强度、离子强度和溴化乙锭等的影响，会出现相反的情况。

2、支持物介质
       核酸电泳通常使用琼脂糖凝胶和聚丙烯酰胺凝胶两种介质，琼脂糖是一种聚合链线性分子。 含有不同浓度的琼脂糖的凝胶构成的分子筛的网孔大小不同，是于分离不同浓度范围的核酸分子。聚丙烯酰胺凝胶由丙烯酰胺（Acr）在N,N,N′-四甲基乙四胺（TEMED）和过硫酸铵（AP）的催化下聚合形成长链，并通过交联剂N,N′-亚甲双丙烯酰胺（Bis）交叉连接而成， 其网孔的大小由Acr与Bis的相对比例决定。
       琼脂糖凝胶适合分离长度100至60的分子，而聚丙烯酰胺凝胶对于小片段（5bp-500bp）的分离效果很好。选择不同浓度的凝胶，可以分离不同大小范围的DNA分子。
3、电场强度
       电场强度愈大，带点颗粒的泳动越快。但凝胶的有效分离范围随着电压增大而减小，所以电泳时一般采用低电压，不超过4V/cm。而对于大片段电泳，甚至用0.5-1.0V/cm电泳过夜。 进行高压电泳时，只能使用聚丙烯酰胺凝胶。
4、缓冲液离子强度
      核酸电泳常采用TAE、TBE、TPE三种缓冲系统，但它们各有利弊。TAE价格低廉，但缓冲能力低，必须进行两极缓冲液的循环。TPE在进行DNA回收时，会使DNA污染磷酸盐， 影响后续反应。所以多采用TBE缓冲液。
      在缓冲液中加入EDTA，可以鳌合二价离子，抑制 DNase，保护DNA。
      缓冲液pH常偏碱性或中性，此时核酸分子带负电，向正极移劢。