单核苷酸多态性实验注意事项有什么

单核苷酸多态性实验注意事项有什么

       SNP即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性。据估计，在人类基因组中，大约每千个碱基中有一个SNP，无论是比较于限制性片段长度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR)，都要广泛得多。SNP是我们考察遗传变异的小单位。

      据估计，人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。一般认为，相邻的SNPs倾向于一起遗传给后代。于是，我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型。大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型（每个具有至少5%的频率），它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。一个染色体区域可以有很多SNP位点，但是我们一旦掌握了这个区域的单体型，就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行基因分型，获取大部分的遗传多态模式。
注意事项：
1.   为保证待测目的区域测序真实可靠，引物设计应该使待测目的区域边界距离上下游引物至少各50 bp；
2.   引物设计建议使用在线方式，以保证成功率；
3.   为保证测序敏感性，PCR产物片段大小应在250bp－650bp范围；
4.   为方便实验，建议引物合成时分装成1 o.d/管，方便将 PCR 与测序的引物分开；
5.   为保证引物的特异性，建议引物设计后在NCBI上blast确认；
6.   为防止降解，PCR产物应尽快测序，否则应该保存在-20℃，且时间不宜过长；
7.   为保证结果真实性，建议对关键点迚行反向测序确认。