SSR分子标记实验操作

SSR分子标记实验操作
       SSR又称微卫星 DNA，是一类由几个(多为1~6个) 碱基组成的基序串联重复而成的DNA序列，其长度一般较短，它们广泛分布于整个基因组的不同位置上，每个座位上重复单位的数目及重复单位的序列都可能不完全相同，因而造成了每个座位上的多态性。SSR标记数量丰富，覆盖整个基因组，而且分布均匀，多态性高，呈共显性遗传，重复性好，操作简便，是一种理想的分子标记技术，被广泛应用于构建基因连锁图分子辅助育种品种鉴定遗传资源的保存等方面。      

试剂配制
1.   0.2%亲水现配现用（binding silence）：1500μL95%乙醇，7.5μL冰醋酸，再加入3μL binding silence， 混匀后使用。                                                                                             
2.   0.5%疏水 repel silence（购买后可直接使用）。
3.   TBE母液（5×TBE）：Tris Base，54g；
硼酸，7.5g；EDTA(0.5M pH8.0)，20ml。搅拌溶化，定容至1000ml，无需灭菌，室温保存，母液的pH值应保持在8.3左右。
4.   Urea－TBE(一块胶板用量)： 5×TBE，12ml；尿素，27g。加双蒸水溶解后定容至51ml，使用漏斗过滤。
5.   40％丙烯酰胺：丙烯酰胺，380g；甲叉双丙烯酰胺，20g。加热至37℃使之溶解，加水定容至1000ml，用醋酸纤维素滤膜（入Nalge滤器，0.45μm孔径）过滤，棕色瓶避光保存于室温。
6.   10％APS（过硫酸铵）：超纯过硫酸铵，2g；超纯水，18ml。溶解后，4℃保存。
7.   TEMED（购买后可直接使用）：电泳级的TEMED可购自Bio-Rad，Sigma 或其他供应商。 
8.    Loading buffer：去离子甲酰胺，50ml；
0.5 MEDTA (pH8.0)，1ml；二甲苯腈蓝cyanol，0.125g；溴酚蓝，0.125g。混匀后置于 4℃保存。
9.   固定液：无水乙醇50ml，冰醋酸2.5ml，水447.5ml。配制成终浓度为10％乙醇，0.5%冰醋酸的固定液。
10.  染色溶液(ACS试剂)：无水乙醇50ml，冰醋酸 2.5ml，水 447.5ml，AgNO3 1g。配制成终浓度为10％乙醇，0.5%冰醋酸，0.2%AgNO3的染色液。 
11.   显影溶液：15gNaOH，0.5ml甲醛，水500ml。终浓度为3％NaOH，0.1%甲醛。